2008年3月，颁布《中国科学院研究所综合管理条例》。《条例》对研究所管理的各个方面都进行了系统的设计和制度安排。《条例》是研究所管理的基本法，是指导研究所建立综合管理的基本制度，对明确院所两级事权，尊重和充分发挥研究所创新自主权、管理自主权和事业法人权责，推动研究所深化改革和加强综合管理，建立研究所自主创新发展的制度基础，从而加快建设现代科研院所制度具有重要意义。
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